Atıksu biyolojik tedavisinde yer alan birçok organizma türü vardır, esas olarak aşağıdakiler:
Bakteriler: Kanalizasyon tedavisinde kullanılan organizmalar arasında bakteriler en küçüğüdür. Aerobik ve anaerobik koşullar altında çeşitli organik maddeleri ayrıştırma ve emme yeteneğine sahiptir. Kanalizasyon biyolojik tedavisinde flok, küresel bakteriler, nitrifikasyon bakterileri, denitrifikasyon bakterileri ve polifosfat bakterileri gibi rol oynayan çeşitli bakteri türleri vardır.
FLOCS: Aktif çamur yöntemi ve biyofilm yöntemi gibi neredeyse tüm aerobik biyolojik tedavilerde. Biyolojik floklar ve biyofilmler oluşturan ve kolloidde sayısız bakteri içeren ana organizmadır. Floklar heterotrofik bakterilerdir.
Küresel Bakteriler: Bakteriler, genellikle beyaz veya gri, filamentöz bir şekilde üst üste düzenlenir ve en yaygın bakteri türüdür. Aktif çamurda büyük ölçekli üreme, aktif çamurun şişmesine neden olacak ve bu da kanalizasyon tedavisine zarar verecektir. Küresel bakteriler heterotrofik bakterilerdir.
Nitrifikasyon bakterileri: Amonyak azotunu nitrite oksitleyen ve aerobik koşullar altında nitrit oksitleyen bakteriler. Nitrifikasyon bakterileri ototrofik bakterilerdir.
Denitrifikasyon bakterileri: Anaerobik koşullar altında (çözünmüş oksijen yok), organik maddeyi oksitlemek ve parçalamak ve nitrit veya nitratı azot gazına azaltmak için nitratlarda oksijen (kombine oksijen) kullanabilirler. Nitrifikasyon bakterileri heterotrofik bakterilerdir.
Polifosfat bakterileri: anaerobik (çözünmüş oksijen yok, nitrat ve nitrit yok) ve aerobik alternatif durumlar, fosforu emmek için fazla kapasiteye sahiptirler. Polifosfat bakterileri heterotrofik bakterilerdir.
Protozoa: Protozoa, kanalizasyonda organik maddeyi ve bakterileri yutma ve bunları hızla vücutta oksitleme ve ayrıştırma yeteneğine sahiptir. Bu nedenle, aktive edilmiş çamur yönteminde ve biyofilm yönteminde, organik maddenin çıkarılmasına ve organik maddenin ayrışmasını hızlandırmanın yanı sıra, biyofilmin yüzey adsorpsiyon kapasitesini de yeniden düzenleyebilirler. Protozoa tek hücreli aerobik organizmalardır.
Yosun: Yosunlar klorofil içeren bitkilerdir. Klorofil karbonhidrat üretmek için fotosentez için karbondioksit ve suyu emdiğinde, suya büyük miktarda oksijen serbest bırakacaktır. Stabilizasyon havuzları, kanalizasyondaki organik maddeyi oksitlemek için bu oksijeni kullanır.
Metazoa: Yukarıda sunulan organizmalar tek hücreli organizmalardır, Metazoa ise biraz daha karmaşıktır. Çok hücreli yapıları nedeniyle, vücutlarında çeşitli organlar da vardır. Kanalizasyon arıtımına katılan metazoalar, biyofiltrelerde yaşayan böcekler ve böcek larvaları gibi daha büyük tiplere küçük rotiferler içerir.
